måndag 3 december 2018

LNX5 (Xq28) LU1, PDZK4, PDZRN4L

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=LNX5

: LU1; LNX5; PDZK4; PDZRN4L
Expression Biased expression in brain (RPKM 47.1), spleen (RPKM 4.7) and 4 other tissues See more

Preferred Names: PDZ domain-containing protein 4

Names: PDZ domain-containing RING finger protein 4-like protein

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001290442.1

Conserved Domains (1) summary

smart00228 Location:144 → 220: PDZ; Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2

NP_001290441.1 PDZ domain-containing 4 isoform 1

LOCUS       NP_001290442             673 aa            linear   PRI 30-JUN-2018
DEFINITION  PDZ domain-containing protein 4 isoform 3 [Homo sapiens].
ACCESSION   NP_001290442
VERSION     NP_001290442.1
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_001303513.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (residues 1 to 673)
  AUTHORS   Nagayama S, Iiizumi M, Katagiri T, Toguchida J and Nakamura Y.
  TITLE     Identification of PDZK4, a novel human gene with PDZ domains, that
            is upregulated in synovial sarcomas
  JOURNAL   Oncogene 23 (32), 5551-5557 (2004)
   PUBMED   15077175
  REMARK    GeneRIF: Might play an important role in the proliferation of SS
            cells and might be a suitable target for SS drugs.
REFERENCE   2  (residues 1 to 673)
  AUTHORS   Katoh M and Katoh M.
  TITLE     Identification and characterization of human PDZRN4L gene and mouse
            Pdzrn4l gene in silico
  JOURNAL   Int. J. Mol. Med. 13 (6), 923-927 (2004)
   PUBMED   15138636
  REMARK    GeneRIF: PDZRN4L showed 49.9% total-amino-acid identity with PDZRN4
            short isoform (PDZRN4S).  PDZ, PR34H1 and PR34H2 domains were
            conserved between PDZRN4L and PDZRN4S.
REFERENCE   3  (residues 1 to 673)
  AUTHORS   Sandoval N, Bauer D, Brenner V, Coy JF, Drescher B, Kioschis P,
            Korn B, Nyakatura G, Poustka A, Reichwald K, Rosenthal A and
            Platzer M.
  TITLE     The genomic organization of a human creatine transporter (CRTR)
            gene located in Xq28
  JOURNAL   Genomics 35 (2), 383-385 (1996)
   PUBMED   8661155
COMMENT     VALIDATED REFSEQ: This record has undergone validation or
            preliminary review. The reference sequence was derived from
            AK127016.1, BC143542.1 and BC002606.2.
            
            Transcript Variant: This variant (3) contains an alternate exon in
            the 5' coding region and initiates translation at an alternate
            start codon, compared to variant 1. The encoded isoform (3) has a
            distinct N-terminus and is shorter than isoform 1.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: BC143542.1 [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
                                           SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                           [ECO:0000350]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..673
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="X"
                     /map="Xq28"
     Protein         1..673
                     /product="PDZ domain-containing protein 4 isoform 3"
                     /note="PDZ domain-containing protein 4; PDZ
                     domain-containing RING finger protein 4-like protein"
                     /calculated_mol_wt=75218
     Region          42..118
                     /region_name="PDZ"
                     /note="Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2;
                     smart00228"
                     /db_xref="CDD:214570"
     Site            order(45..48,50,99..100,103..104)
                     /site_type="other"
                     /note="protein binding site [polypeptide binding]"
                     /db_xref="CDD:238492"
     CDS             1..673
                     /gene="PDZD4"
                     /gene_synonym="LNX5; LU1; PDZK4; PDZRN4L"
                     /coded_by="NM_001303513.1:819..2840"
                     /note="isoform 3 is encoded by transcript variant 3"
                     /db_xref="GeneID:57595"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:21167"
                     /db_xref="MIM:300634"
ORIGIN      
        1 mtappishey ydpaefmegg pqeadrldel eyeevelyks shrdklglmv cyrtddeedl
       61 giyvgevnpn siaakdgrir egdriiqing vdvqnreeav ailsqeentn isllvarpes
      121 qlakrwkdsd rddflddfgs enegelrark lksppaqqpg neeekgapda gpglsnsqel
      181 dsgvgrtdes trneessehd llgdeppsst ntpgslrkfg lqgdalqsrd fhfsmdslla
      241 egaglgggdv pgltdeeyer yrelleikch lengnqlgll fprasggnsa ldvnrneslg
      301 hemamleeel rhlefkcrni lraqkmqqlr ercmkawlle eeslydlaas epkkhelsdi
      361 selpeksdkd stsayntges crstpllvep lpesplrram agnsnlnrtp pgpavatpak
      421 aapppgspak frslsrdpea grrqhaeerg rrnpktgltl ervgpesspy lsrrhrgqgq
      481 egehyhscvq laptrgleel ghgplslagg prvggvaaaa teaprmewkv kvrsdgtryv
      541 akrpvrdrll karalkiree rsgmttddda vsemkmgryw skeerkqhli rareqrkrre
      601 fmmqsrlecl reqqngdskp elniialshr ktmkkrnkki ldnwitiqem lahgarsadg
      661 krvynpllsv ttv
//

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Luumassaan vaikuttava järjestelmä Numb- LNX , joten otan näitä geenejä Luustoblogiin

https://www.researchgate.net/figure/Domain-structures-of-mammalian-LNX-proteins-LNX1-and-LNX2-share-an-identical-domain_fig1_51558005

LNX2 (13q12.2) PDZRN1, Numb binding protein X2,

LNX2
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=PDZRN1

Preferred Names: ligand of Numb protein X 2

Names: PDZ domain containing ring finger 1; PDZ domain-containing RING finger protein 1; numb-binding protein 2

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Submit: New GeneRIF Correction

LNX1 (4q12) MPDZ, PDZRN2 , multi-PDZ-domain conaining protein , E3 ubiquitin ligase , numb- binding protein1,

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=PDZRN2

LNX; MPDZ; PDZRN2
Summary: This gene encodes a membrane-bound protein that is involved in signal transduction and protein interactions. The encoded product is an E3 ubiquitin-protein ligase, which mediates ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of proteins containing phosphotyrosine binding (PTB) domains. This protein may play an important role in tumorogenesis. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been described. A pseudogene, which is located on chromosome 17, has been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
ExpressionUbiquitous expression in brain (RPKM 10.1), esophagus (RPKM 8.0) and 25 other tissues


Preferred Names: E3 ubiquitin-protein ligase LNX

Names: PDZ domain-containing ring finger protein 2; RING-type E3 ubiquitin transferase LNX; ligand of numb-protein X 1, E3 ubiquitin protein ligase; multi-PDZ-domain-containing protein, E3 ubiquitin-protein ligase LNX; numb-binding protein 1

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

LNX- geeniperhe E3 ubikitiiniligaaseja . Molekyylievoluutiota. (Numb- binding proteins)

2011 Aug 9;11:235. doi: 10.1186/1471-2148-11-235.
https://www.researchgate.net/figure/Domain-structures-of-mammalian-LNX-proteins-LNX1-and-LNX2-share-an-identical-domain_fig1_51558005

Molecular evolution of the LNX gene family.

Flynn M¹, Saha O, Young P.Abstract

BACKGROUND:

LNX (Ligand of Numb Protein-X) proteins typically contain an amino-terminal RING domain adjacent to either two or four PDZ domains - a domain architecture that is unique to the LNX family. LNX proteins function as E3 ubiquitin ligases and their domain organisation suggests that their ubiquitin ligase activity may be targeted to specific substrates or subcellular locations by PDZ domain-mediated interactions. Indeed, numerous interaction partners for LNX proteins have been identified, but the in vivo functions of most family members remain largely unclear.

RESULTS:

To gain insights into their function we examined the phylogenetic origins and evolution of the LNX gene family. We find that a LNX1/LNX2-like gene arose in an early metazoan lineage by gene duplication and fusion events that combined a RING domain with four PDZ domains. These PDZ domains are closely related to the four carboxy-terminal domains from multiple PDZ domain containing protein-1 (MUPP1). Duplication of the LNX1/LNX2-like gene and subsequent loss of PDZ domains appears to have generated a gene encoding a LNX3/LNX4-like protein, with just two PDZ domains. This protein has novel carboxy-terminal sequences that include a potential modular LNX3 homology domain. The two ancestral LNX genes are present in some, but not all, invertebrate lineages. They were, however, maintained in the vertebrate lineage, with further duplication events giving rise to five LNX family members in most mammals. In addition, we identify novel interactions of LNX1 and LNX2 with three known MUPP1 ligands using yeast two-hybrid asssays. This demonstrates conservation of binding specificity between LNX and MUPP1 PDZ domains.

CONCLUSIONS:

The LNX gene family has an early metazoan origin with a LNX1/LNX2-like protein likely giving rise to a LNX3/LNX4-like protein through the loss of PDZ domains. The absence of LNX orthologs in some lineages indicates that LNX proteins are not essential in invertebrates. In contrast, the maintenance of both ancestral LNX genes in the vertebrate lineage suggests the acquisition of essential vertebrate specific functions. The revelation that the LNX PDZ domains are phylogenetically related to domains in MUPP1, and have common binding specificities, suggests that LNX and MUPP1 may have similarities in their cellular functions.

PMID:: 21827680
PMCID:: PMC3162930
DOI:: 10.1186/1471-2148-11-235

[Indexed for MEDLINE]

Free PMC Article

LNX3 (3p13) PDZRN3, SEMCAP3 ( HPV virus E6p tuhonnee tämän proteiinin)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/23024

LNX3; SEMCAP3; SEMACAP3
Summary: This gene encodes a member of the LNX (Ligand of Numb Protein-X) family of RING-type ubiquitin E3 ligases. This protein may function in vascular morphogenesis and the differentiation of adipocytes, osteoblasts and myoblasts. This protein may be targeted for degradation by the human papilloma virus E6 protein. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2014]
Expression: Broad expression in ovary (RPKM 21.4), endometrium (RPKM 16.6) and 20 other tissues See more
Orthologs mouse all

Preferred Names: E3 ubiquitin-protein ligase PDZRN3

Names: RING-type E3 ubiquitin transferase PDZRN3; ligand of Numb protein X 3; likely ortholog of mouse semaF cytoplasmic domain associated protein 3; semaphorin cytoplasmic domain-associated protein 3

NP_001290068.1

EC 2.3.2.27

Structure, history:

NP_0012900 8.1 E3 ubiquitin-protein ligase PDZRN3 isoform 2

Conserved Domains (2) summary

smart00228 Location:5 → 36: PDZ; Domain pres

nt in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2

cd00992 Location:118 → 186: PDZ_signaling; PDZ domain found in a variety of Eumetazoan signaling molecules, often in tandem arrangements. May be responsible for specific protein-protein int

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Submit: New GeneRIF Correction

LNX4 (12q12) PDZRN4, SAMCAP3L,Ligand of Numb protein X4 (antituumoriproteiini)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/29951

Also known as: LNX4; SAMCAP3L
Expression: Broad expression in prostate (RPKM 5.3), urinary bladder (RPKM 3.3) and 15 other tissues See more
Orthologs mouse all

Preferred Names: PDZ domain-containing RING finger protein 4

Names: IMAGE5767589; SEMACAP3-like protein; ligand of Numb protein X 4

Structure, history

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001158067.1

Conserved Domains (4) summary

smart00228 Location:221 → 313: PDZ; Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2

cd00162 Location:17 → 5

40 to 60 residues that binds two atoms of zinc; defined by the 'cross-brace' motif C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)- H-X(2-3)-(N/C/H)-X2-C-X(4-48)C-X2-C; probably involved in ...

cd00992 Location:402 → 484: PDZ_signaling; PDZ do

d binding to internal (non-C-terminal) ...

cl19105 Location:66 → 108: Sina; Seven in absentia (Sina) protein family, C-terminal substrate binding domain; composed of the Drosophila Sina protein, the mammalian Sina homolog (Siah), the plant protein SINAT5, and similar proteins. Sina, Siah and SINAT5 are RING-containing proteins ...

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Submit: New GeneRIF Correction

NUMB adaptoriproteiini osallistuu luumassan ylläpitoon , antituumorivaikutuksia .

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30455992

2018 Nov 10;6:32. doi: 10.1038/s41413-018-0030-y. eCollection 2018.

NUMB maintains bone mass by promoting degradation of PTEN and GLI1 via ubiquitination in osteoblasts.

Ye L¹, Lou F¹, Yu F¹, Zhang D¹, Wang C¹, Wu F¹, Li X¹, Ping Y¹, Yang X¹, Yang J¹, Chen D¹, Gao B¹, Huang D¹, Liu P².Abstract

Adaptoriprotieini NUMB osallistuu asymmteriseen solunjakautumiseen ja solukohtalon määräämiseen ja se on tunnistettu NOTCH- antagonistina.

Aiemmissa tutkimuksissa on osoitautunut, että Notch-aktivaatio osteoblasteissa vaikuttaa korkeaa luumassaa.

Tässä tutkimuksessa kuitenkin hiiren osteopeninen fenotyyppi havaittiin 9-viikkoisessa hiiressä käyttämällä osteoblastipesifistä Col1alfa-2.3-Cre , joka teki ablaation sekä Numb:iin että sen homolgiin Numbl. Trabekulaarinen luumassa väheni dramaattisesti kun taas kortikaalinen luumassa ei vaikuttunut. Tässä ei NOTCH signaali aktivoitunut, kun taas PTEN (PI3kinasien defosforyloija) oli koholla vaimentaen PKB (Akt) .

Ubikitinaatiomenetelmällä selvisi, että NUMB saattaa fysiologisesti edistää PTEN-ubikitinaatiota, jos läsnä on erästä neuronin esiasteessa kehityksellisti alassäätynyttä proteiinia.

Lisäksi Numb/Numbl vaje aktivoi Hedgehog tien GLII- kautta. Tämän prosessin vaikuttavan NFKB tien suhdetta ostoprotegeriiniin, joka lisää osteoklastien erilaistumista ja luun resorptiota . Johtopäätös täten on, että NUMB ja NUMBL voivat vaikuttaa luun homeostaassiin.

The adaptor protein NUMB is involved in asymmetric division and cell fate determination and recognized as an antagonist of Notch. Previous studies have proved that Notch activation in osteoblasts contributes to a high bone mass. In this study, however, an osteopenic phenotype was found in 9-week-old mice using osteoblastic specific Col1a1-2.3-Cre to ablate both Numb and its homologue Numbl . The trabecular bone mass decreased dramatically while the cortical bone mass was unaffected. Here, the Notch signal was not activated, while the tensin homologue deleted on human chromosome 10 (PTEN), which dephosphorylates phosphatidylinositide 3-kinases, was elevated, attenuating protein kinase B (Akt). The ubiquitination assay revealed that NUMB may physiologically promote PTEN ubiquitination in the presence of neural precursor cell-expressed developmentally downregulated protein 4-1. In addition, the deficiency of Numb/Numbl also activated the Hedgehog pathway through GLI1. This process was found to improve the ratio of the receptor activator of nuclear factor-kB ligand to osteoprotegerin, which enhanced the differentiation of osteoclasts and bone resorption . In conclusion, this study provides an insight into new functons of NUMB and NUMBL on bone homeostasis.

PMID:: 30455992
PMCID:: PMC6226489
DOI:: 10.1038/s41413-018-0030-y

Free PMC Article

Gene NUMB (14q24.2.-q24.3)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/8650

S171; C14orf41; c14_5527
Summary: The protein encoded by this gene plays a role in the determination of cell fates during development. The encoded protein, whose degradation is induced in a proteasome-dependent manner by MDM2, is a membrane-bound protein that has been shown to associate with EPS15, LNX1, and NOTCH1. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2016]
Expression: Ubiquitous expression in lung (RPKM 25.7), gall bladder (RPKM 21.4) and 25 other tissues See more

Preferred Names: protein numb homolog

Names: h-Numb; numb homolog

Conserved Domains (2) summary

cd01268 Location:23 → 168: PTB_Numb; Numb Phosphotyrosine-binding (PTB) domain

pfam06311 Location:258 → 338: NumbF; NUM

protein numb homolog isoform 1 [Homo sapiens]

NCBI Reference Sequence: NP_001005743.1

Identical Proteins FASTA Graphics

Go to:

LOCUS       NP_001005743             651 aa            linear   PRI 11-NOV-2018
DEFINITION  protein numb homolog isoform 1 [Homo sapiens].
ACCESSION   NP_001005743
VERSION     NP_001005743.1
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_001005743.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Zhang C, Kang Y, Ma R, Chen F, Chen F and Dong X.
  TITLE     Expression of Numb and Gli1 in malignant pleural mesothelioma and
            their clinical significance
  JOURNAL   J Cancer Res Ther 14 (5), 970-976 (2018)
   PUBMED   30197333
  REMARK    GeneRIF: The results provide new evidence of Numb and Gli1 on the
            clinical characteristics of Malignant pleural mesothelioma, which
            may be helpful in clinical diagnosis and targeted therapy. Further
            research with larger sample size is needed
REFERENCE   2  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Schuring AN, Dahlhues B, Korte A, Kiesel L, Titze U, Heitkotter B,
            Ruckert C and Gotte M.
  TITLE     The endometrial stem cell markers notch-1 and numb are associated
            with endometriosis
  JOURNAL   Reprod. Biomed. Online 36 (3), 294-301 (2018)
   PUBMED   29398419
  REMARK    GeneRIF: High NUMB expression is associated with endometriosis.
REFERENCE   3  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Colaluca IN, Basile A, Freiburger L, D'Uva V, Disalvatore D, Vecchi
            M, Confalonieri S, Tosoni D, Cecatiello V, Malabarba MG, Yang CJ,
            Kainosho M, Sattler M, Mapelli M, Pece S and Di Fiore PP.
  TITLE     A Numb-Mdm2 fuzzy complex reveals an isoform-specific involvement
            of Numb in breast cancer
  JOURNAL   J. Cell Biol. 217 (2), 745-762 (2018)
   PUBMED   29269425
REFERENCE   4  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Guo Y, Zhang K, Cheng C, Ji Z, Wang X, Wang M, Chu M, Tang DG, Zhu
            HH and Gao WQ.
  TITLE     Numb(-/low) Enriches a Castration-Resistant Prostate Cancer Cell
            Subpopulation Associated with Enhanced Notch and Hedgehog Signaling
  JOURNAL   Clin. Cancer Res. 23 (21), 6744-6756 (2017)
   PUBMED   28751447
  REMARK    GeneRIF: Numb(-/low) prostate cancer cells were smaller and
            quiescent, preferentially expressed Notch and Hedgehog downstream
            and stem-cell-associated genes, and associated with a greater
            resistance to androgen-deprivation therapy
REFERENCE   5  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Bocci F, Jolly MK, Tripathi SC, Aguilar M, Hanash SM, Levine H and
            Onuchic JN.
  TITLE     Numb prevents a complete epithelial-mesenchymal transition by
            modulating Notch signalling
  JOURNAL   J R Soc Interface 14 (136) (2017)
   PUBMED   29187638
  REMARK    GeneRIF: Numb is associated with modulation of Notch-driven
            epithelial-mesenchymal transition.
REFERENCE   6  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Dho SE, Jacob S, Wolting CD, French MB, Rohrschneider LR and
            McGlade CJ.
  TITLE     The mammalian numb phosphotyrosine-binding domain. Characterization
            of binding specificity and identification of a novel PDZ
            domain-containing numb binding protein, LNX
  JOURNAL   J. Biol. Chem. 273 (15), 9179-9187 (1998)
   PUBMED   9535908
REFERENCE   7  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Salcini AE, Confalonieri S, Doria M, Santolini E, Tassi E,
            Minenkova O, Cesareni G, Pelicci PG and Di Fiore PP.
  TITLE     Binding specificity and in vivo targets of the EH domain, a novel
            protein-protein interaction module
  JOURNAL   Genes Dev. 11 (17), 2239-2249 (1997)
   PUBMED   9303539
REFERENCE   8  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Zhong W, Feder JN, Jiang MM, Jan LY and Jan YN.
  TITLE     Asymmetric localization of a mammalian numb homolog during mouse
            cortical neurogenesis
  JOURNAL   Neuron 17 (1), 43-53 (1996)
   PUBMED   8755477
REFERENCE   9  (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Wong WT, Schumacher C, Salcini AE, Romano A, Castagnino P, Pelicci
            PG and Di Fiore PP.
  TITLE     A protein-binding domain, EH, identified in the receptor tyrosine
            kinase substrate Eps15 and conserved in evolution
  JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92 (21), 9530-9534 (1995)
   PUBMED   7568168
REFERENCE   10 (residues 1 to 651)
  AUTHORS   Sherrington R, Rogaev EI, Liang Y, Rogaeva EA, Levesque G, Ikeda M,
            Chi H, Lin C, Li G, Holman K, Tsuda T, Mar L, Foncin JF, Bruni AC,
            Montesi MP, Sorbi S, Rainero I, Pinessi L, Nee L, Chumakov I,
            Pollen D, Brookes A, Sanseau P, Polinsky RJ, Wasco W, Da Silva HA,
            Haines JL, Perkicak-Vance MA, Tanzi RE, Roses AD, Fraser PE,
            Rommens JM and St George-Hyslop PH.
  TITLE     Cloning of a gene bearing missense mutations in early-onset
            familial Alzheimer's disease
  JOURNAL   Nature 375 (6534), 754-760 (1995)
   PUBMED   7596406
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
            reference sequence was derived from BC068476.1, AF171938.1 and
            AA872908.1.
            This sequence is a reference standard in the RefSeqGene project.
            
            Summary: The protein encoded by this gene plays a role in the
            determination of cell fates during development. The encoded
            protein, whose degradation is induced in a proteasome-dependent
            manner by MDM2, is a membrane-bound protein that has been shown to
            associate with EPS15, LNX1, and NOTCH1. Alternative splicing
            results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb
            2016].
            
            Transcript Variant: This variant (1) represents the longest
            transcript and encodes the longest isoform (1).
            
            Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
            publications that are available for this gene. Please see the Gene
            record to access additional publications.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: AF171938.1 [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
                                           SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                           [ECO:0000350]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..651
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="14"
                     /map="14q24.2-q24.3"
     Protein         1..651
                     /product="protein numb homolog isoform 1"
                     /note="protein numb homolog; h-Numb"
                     /calculated_mol_wt=70673
     Region          23..168
                     /region_name="PTB_Numb"
                     /note="Numb Phosphotyrosine-binding (PTB) domain; cd01268"
                     /db_xref="CDD:241298"
     Site            order(42,125,145)
                     /site_type="other"
                     /note="putative phosphoinositide binding site [chemical
                     binding]"
                     /db_xref="CDD:241298"
     Site            order(55,116..119,155,159,162,166)
                     /site_type="other"
                     /note="peptide binding site [polypeptide binding]"
                     /db_xref="CDD:241298"
     Site            194
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine. {ECO:0000244|PubMed:23186163};
                     propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            243
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphothreonine. {ECO:0000250|UniProtKB:Q9QZS3};
                     propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            244
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine. {ECO:0000244|PubMed:18669648};
                     propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Region          258..338
                     /region_name="NumbF"
                     /note="NUMB domain; pfam06311"
                     /db_xref="CDD:283874"
     Site            276
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine, by CaMK1.
                     {ECO:0000250|UniProtKB:Q2LC84}; propagated from
                     UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            295
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine, by CaMK1.
                     {ECO:0000250|UniProtKB:Q2LC84}; propagated from
                     UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            425
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine. {ECO:0000244|PubMed:23186163};
                     propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            436
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphothreonine. {ECO:0000244|PubMed:23186163};
                     propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            438
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine. {ECO:0000244|PubMed:23186163,
                     ECO:0000244|PubMed:24275569}; propagated from
                     UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     Site            634
                     /site_type="other"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine. {ECO:0000244|PubMed:16964243,
                     ECO:0000244|PubMed:23186163}; propagated from
                     UniProtKB/Swiss-Prot (P49757.2)"
     CDS             1..651
                     /gene="NUMB"
                     /gene_synonym="C14orf41; c14_5527; S171"
                     /coded_by="NM_001005743.1:321..2276"
                     /note="isoform 1 is encoded by transcript variant 1"
                     /db_xref="CCDS:CCDS32116.1"
                     /db_xref="GeneID:8650"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:8060"
                     /db_xref="MIM:603728"
ORIGIN      
        1 mnklrqsfrr kkdvyvpeas rphqwqtdee gvrtgkcsfp vkylghvevd esrgmhiced
       61 avkrlkaerk ffkgffgktg kkavkavlwv sadglrvvde ktkdlivdqt iekvsfcapd
      121 rnfdrafsyi crdgttrrwi chcfmavkdt gerlshavgc afaaclerkq krekecgvta
      181 tfdasrttft regsfrvtta teqaereeim kqmqdakkae tdkivvgssv apgntapsps
      241 sptsptsdat tslemnnpha iprrhapieq larqgsfrgf palsqkmspf krqlslrine
      301 lpstmqrktd fpiknavpev egeaesissl csqitnafst pedpfssapm tkpvtvvapq
      361 sptfqangtd safhvlakpa htalapvamp vretnpwaha pdaankeiaa tcsgtewgqs
      421 sgaaspglfq aghrrtpsea drwleevsks vraqqpqasa aplqpvlqpp pptaisqpas
      481 pfqgnaflts qpvpvgvvpa lqpafvpaqs ypvangmpyp apnvpvvgit psqmvanvfg
      541 taghpqaahp hqspslvrqq tfphyeassa ttspffkppa qhlngsaafn gvddgrlasa
      601 drhtevptgt cpvdpfeaqw aalenkskqr tnpsptnpfs sdlqktfeie l
//

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Submit: New GeneRIF Correction See all GeneRIFs (74)

onsdag 7 november 2018

Synoviumin proteiinista CHI3L1 eli YKL-40

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001267.2

chitinase-3-like protein 1 precursor [Homo sapiens]

NCBI Reference Sequence: NP_001267.2

Identical Proteins FASTA Graphics

Go to:

LOCUS       NP_001267                383 aa            linear   PRI 21-OCT-2018
DEFINITION  chitinase-3-like protein 1 precursor [Homo sapiens].
ACCESSION   NP_001267
VERSION     NP_001267.2
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_001276.2
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Geng B, Pan J, Zhao T, Ji J, Zhang C, Che Y, Yang J, Shi H, Li J,
            Zhou H, Mu X, Xu C, Wang C, Xu Y, Liu Z, Wen H and You Q.
  TITLE     Chitinase 3-like 1-CD44 interaction promotes metastasis and
            epithelial-to-mesenchymal transition through beta-catenin/Erk/Akt
            signaling in gastric cancer
  JOURNAL   J. Exp. Clin. Cancer Res. 37 (1), 208 (2018)
   PUBMED   30165890
  REMARK    GeneRIF: CHI3L1 expression is a novel biomarker for the prognosis
            of gastric cancer and these findings have thus identified
            CHI3L1/CD44 axis as a vital pathway and potential therapeutic
            target in gastric cancer
            Publication Status: Online-Only
REFERENCE   2  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Salomon J, Piotrowska A, Matusiak L, Dziegiel P and Szepietowski
            JC.
  TITLE     Chitinase-3-like Protein 1 (YKL-40) Expression in Squamous Cell
            Skin Cancer
  JOURNAL   Anticancer Res. 38 (8), 4753-4758 (2018)
   PUBMED   30061245
  REMARK    GeneRIF: YKL-40 is expressed in cutaneous Squamous Cell Skin Cancer
REFERENCE   3  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Rusak A, Jablonska K, Piotrowska A, Grzegrzolka J, Nowak A, Wojnar
            A and Dziegiel P.
  TITLE     The Role of CHI3L1 Expression in Angiogenesis in Invasive Ductal
            Breast Carcinoma
  JOURNAL   Anticancer Res. 38 (6), 3357-3366 (2018)
   PUBMED   29848684
  REMARK    GeneRIF: Results suggest a potential role of chitinase 3 like 1
            protein (CHI3L1) in angiogenesis in invasive ductal breast
            carcinoma (IDC) and may suggest its involvement in cancer
            progression.
REFERENCE   4  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Li XZ, Zhao SC, Cai XL, Wang YF, Chen J, Ma XF and Zhang H.
  TITLE     Differences in expression of YKL-40 and TLR4 in nasal sinus mucosa
            of chronic sinusitis patients with and without nasal polyps
  JOURNAL   J. Biol. Regul. Homeost. Agents 32 (3), 537-543 (2018)
   PUBMED   29921378
  REMARK    GeneRIF: there was a negative correlation between YKL-40 and TLR4
            expression in chronic sinusitis patients with nasal polyps. YKL-40
            and TLR4 interacted with each other to activate NF-kappaB and
            promote disease progression.
REFERENCE   5  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Kulkarni NB, Ganu MU, Godbole SG and Deo SS.
  TITLE     Assessment of potential biomarkers of atherosclerosis in Indian
            patients with type 2 diabetes mellitus
  JOURNAL   Indian J. Med. Res. 147 (2), 169-176 (2018)
   PUBMED   29806605
  REMARK    GeneRIF: Gene expressions of YKL-40 and CD36 were significantly
            higher in patients with T2DM (>5 yr) with hypertension compared to
            healthy controls (P=0.006). In addition, a significant increase in
            serum levels of sCD36, PPAR-gamma and YKL-40 was observed in
            patients with T2DM (>5 yr) with hypertension compared to healthy
            controls
REFERENCE   6  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Renkema GH, Boot RG, Au FL, Donker-Koopman WE, Strijland A,
            Muijsers AO, Hrebicek M and Aerts JM.
  TITLE     Chitotriosidase, a chitinase, and the 39-kDa human cartilage
            glycoprotein, a chitin-binding lectin, are homologues of family 18
            glycosyl hydrolases secreted by human macrophages
  JOURNAL   Eur. J. Biochem. 251 (1-2), 504-509 (1998)
   PUBMED   9492324
REFERENCE   7  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Kirkpatrick RB, Emery JG, Connor JR, Dodds R, Lysko PG and
            Rosenberg M.
  TITLE     Induction and expression of human cartilage glycoprotein 39 in
            rheumatoid inflammatory and peripheral blood monocyte-derived
            macrophages
  JOURNAL   Exp. Cell Res. 237 (1), 46-54 (1997)
   PUBMED   9417865
REFERENCE   8  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Rehli M, Krause SW and Andreesen R.
  TITLE     Molecular characterization of the gene for human cartilage gp-39
            (CHI3L1), a member of the chitinase protein family and marker for
            late stages of macrophage differentiation
  JOURNAL   Genomics 43 (2), 221-225 (1997)
   PUBMED   9244440
REFERENCE   9  (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Hakala BE, White C and Recklies AD.
  TITLE     Human cartilage gp-39, a major secretory product of articular
            chondrocytes and synovial cells, is a mammalian member of a
            chitinase protein family
  JOURNAL   J. Biol. Chem. 268 (34), 25803-25810 (1993)
   PUBMED   8245017
REFERENCE   10 (residues 1 to 383)
  AUTHORS   Nyirkos P and Golds EE.
  TITLE     Human synovial cells secrete a 39 kDa protein similar to a bovine
            mammary protein expressed during the non-lactating period
  JOURNAL   Biochem. J. 269 (1), 265-268 (1990)
   PUBMED   2375755
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
            reference sequence was derived from DA167112.1, BC008568.1 and
            AK225266.1.
            This sequence is a reference standard in the RefSeqGene project.
            On Apr 7, 2007 this sequence version replaced NP_001267.1.
            
            Summary: Chitinases catalyze the hydrolysis of chitin, which is an
            abundant glycopolymer found in insect exoskeletons and fungal cell
            walls. The glycoside hydrolase 18 family of chitinases includes
            eight human family members. This gene encodes a glycoprotein member
            of the glycosyl hydrolase 18 family. The protein lacks chitinase
            activity and is secreted by activated macrophages, chondrocytes,
            neutrophils and synovial cells. The protein is thought to play a
            role in the process of inflammation and tissue remodeling.
            [provided by RefSeq, Sep 2009].
            
            Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
            publications that are available for this gene. Please see the Gene
            record to access additional publications.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: AK225266.1, SRR1803612.134756.1
                                           [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
                                           SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                           [ECO:0000350]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..383
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="1"
                     /map="1q32.1"
     Protein         1..383
                     /product="chitinase-3-like protein 1 precursor"
                     /note="chitinase-3-like protein 1; 39 kDa synovial
                     protein; cartilage glycoprotein 39; chitinase 3-like 1
                     (cartilage glycoprotein-39)"
                     /calculated_mol_wt=40489
     sig_peptide     1..21
                     /inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0"
                     /calculated_mol_wt=2155
     mat_peptide     22..383
                     /product="chitinase-3-like protein 1"
                     /calculated_mol_wt=40489
     Region          23..357
                     /region_name="Glyco_18"
                     /note="Glyco_18 domain; smart00636"
                     /db_xref="CDD:214753"
     Region          24..380
                     /region_name="GH18_chitolectin_chitotriosidase"
                     /note="This conserved domain family includes a large
                     number of catalytically inactive chitinase-like lectins
                     (chitolectins) including YKL-39, YKL-40 (HCGP39), YM1,
                     oviductin, and AMCase (acidic mammalian chitinase), as
                     well as catalytically active...; cd02872"
                     /db_xref="CDD:119351"
     Site            order(27,31,99..100,138,140..141,180..181,204,206..207,
                     212,261,263,290,352)
                     /site_type="active"
                     /db_xref="CDD:119351"
     Region          70..71
                     /region_name="Chitooligosaccharide binding"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P36222.2)"
     Region          97..100
                     /region_name="Chitooligosaccharide binding"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P36222.2)"
     Region          204..207
                     /region_name="Chitooligosaccharide binding"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P36222.2)"
     Region          324..338
                     /region_name="Important for AKT1 activation and IL8
                     production. {ECO:0000250}"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P36222.2)"
     CDS             1..383
                     /gene="CHI3L1"
                     /gene_synonym="ASRT7; CGP-39; GP-39; GP39; HC-gp39;
                     hCGP-39; HCGP-3P; YK-40; YKL-40; YKL40; YYL-40"
                     /coded_by="NM_001276.2:172..1323"
                     /db_xref="CCDS:CCDS1435.1"
                     /db_xref="GeneID:1116"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:1932"
                     /db_xref="MIM:601525"
ORIGIN      
        1 mgvkasqtgf vvlvllqccs ayklvcyyts wsqyregdgs cfpdaldrfl cthiiysfan
       61 isndhidtwe wndvtlygml ntlknrnpnl ktllsvggwn fgsqrfskia sntqsrrtfi
      121 ksvppflrth gfdgldlawl ypgrrdkqhf ttlikemkae fikeaqpgkk qlllsaalsa
      181 gkvtidssyd iakisqhldf isimtydfhg awrgttghhs plfrgqedas pdrfsntdya
      241 vgymlrlgap asklvmgipt fgrsftlass etgvgapisg pgipgrftke agtlayyeic
      301 dflrgatvhr ilgqqvpyat kgnqwvgydd qesvkskvqy lkdrqlagam vwaldlddfq
      361 gsfcgqdlrf pltnaikdal aat
//

torsdag 2 augusti 2018

Duodecim mainitsee irisiinin nimen ruskeaa rasvaa käsittelevässä artikkelissa

https://www.duodecimlehti.fi/duo12532

Ihmisen ruskea rasvakudos

Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim

2015;131(22):2075-82

Kirsi A. Virtanen ja Pirjo Nuutila
Pirjo Nuutila: Asiantuntijapalkkio (AstraZeneca, Suomen MSD)
KIRSI A. VIRTANEN, Dosentti, akatemiatutkija PET-keskus, Turun yliopisto ja TYKS
PIRJO NUUTILA Professori, ylilääkäri PET-keskus, Turun yliopisto, endokrinologian vastuualue, TYKS Artikkelin tunnus: duo12532 (012.532)

Katsaus

Vuonna 2009 osoitettiin, että aikuisilla ihmisillä on lämpöä tuottavaa ja energiaa kuluttavaa ruskeaa rasvakudosta solisluiden seudussa kaulalla. Ruskeita rasvasoluja on kahdenlaisia, niin sanottuja klassisia ja myöhemmin aikuisiän lähestyessä lisääntyviä niin sanottuja beigejä rasvasoluja. Ruskeat rasvasolut tuottavat lämpöä irtikytkijäproteiini 1:n (UCP1) avulla rasvahapoista ja sokerista. Sokerin käyttöä mittaavan positroniemissiotomografian (PET) avulla on osoitettu ruskean rasvan aineenvaihdunnan moninkertaistuvan kylmässä, millä arvellaan olevan vaikutusta energiankulutukseen. Aktiivista ruskeaa rasvaa on todennäköisimmin nuorilla aikuisilla, normaalipainoisilla ja naisilla, ja epätodennäköisemmin lihavilla henkilöillä. Sen määrä ja aktiivisuus lisääntyvät toistuvassa kylmäaltistuksessa ja laihdutettaessa. Lihavuusepidemian vuoksi ruskean rasvan aktivoinnista etsitään uusia keinoja painonhallintaan. Sen monet metaboliset ja hormonaaliset säätelymekanismit ja vaikutukset tunnetaan vielä puutteellisesti.

Ruskean rasvasolun toiminta ja lokalisaatio

Ruskean rasvan toiminta perustuu suureen solunsisäisten mitokondrioiden ja pienten rasvapisaroiden määrään sekä runsaaseen verisuonittumiseen. Lisäksi runsas sympaattinen hermotus mahdollistaa tehokkaan paikallisen katekoliamiinien vapautumisen. Mitokondrioiden määrä on merkittävästi suurempi kuin valkoisissa rasvasoluissa, ja niiden rakenne on erilainen (9). Mitokondrion sisäkalvosto on voimakkaasti poimuttunut, cristojen määrä on suuri ja niiden tiivis sijainti lisää toiminnalle tärkeää pinta-alaa. Sisäkalvolla toimii irtikytkijäproteiini UCP1, joka muun muassa adrenergisvälitteisen signaalin seurauksena aktivoituu ja kykenee katkaisemaan adenosiinitrifosfaatin (ATP) tuotannon. Tämä johtaa lämmöntuotantoon ja energian kulutukseen varastoimisen sijaan. Solun sisällä olevien triglyseridiä varastoivien rasvapisaroiden pieni koko ja suuri määrä mahdollistavat suuren pinta-alan tehokkaalle lipolyysille, kun aktivoituneissa mitokondrioissa tarvitaan rasvahappoja.

Ruskean rasvan merkitys

Ruskean rasvan pääasiallinen tehtävä on termogeneesi eli lämmöntuotto. Termogeneesillä on erityinen merkitys jyrsijöille ja muille luonnonvaraisille eläimille, mutta aikuisen ihmisen lämmöntuottoon sen vaikutus on pienen määrän vuoksi hyvin paikallista. Vastasyntyneillä ja pienillä lapsilla ruskea rasva tuottaa lämpöä koko keholle silloin, kun lihakset eivät vielä pysty lämpöä tuottamaan. Lapsen lähtiessä liikkeelle ruskean rasvan määrä on pieni. Se alkaa lisääntyä lapsuus- ja teini-iässä samassa tahdissa lihaskudoksen kanssa (10).
Ruskean rasvan lokalisaatio vastasyntyneillä vaihtelee, ja suurin rasvakertymä sijaitsee jyrsijöiden tapaan lapaluiden päällä (11). Aikuisilla solisluiden seudulla olevan ruskean rasvakudoksen merkitys lämmöntuoton kannalta saattaa olla merkityksellistä aivoihin menevän veren lämpötilan turvaamiseksi. Akuutissa kylmäaltistuksessa ihon lämpötila solisluiden yläpuolella ei laske samalla lailla kuin perifeeristen alueiden iholla (12).
Ruskean rasvan toimintaa on tutkittu pitkälti termogeneesin ja energiankulutuksen näkökulmasta, sillä aktiivisesti toimiva ruskea rasva on yhteydessä pienempään kehon rasvaprosenttiin (6). Aktivoituneessa ruskeassa rasvassa rasvahappojen kulutus lisääntyy voimakkaasti niin solunsisäisistä lähteistä kuin lisääntyneen lipolyysin seurauksena muualtakin elimistöstä valkoisen rasvan varastoista. Jyrsijöillä kylmäaltistuksella aktivoitu ruskea rasva puhdistaa verenkierrosta ylimääräisiä triglyseridejä, ja hyperlipideemisten hiirten lipidipitoisuudet pienenevät (13). Mikäli samankaltainen toiminto aktivoitaisiin ihmisellä, solisluiden seudulla oleva ruskea rasva puhdistaisi aivoihin menevää verta rasvoista sekä pienentäisi verenkierron lipidipitoisuuksia. Lisäksi heikentynyt glukoositasapaino kohentuisi. Glukoositasapainon yhteydestä ruskean rasvan toimintaan ihmisellä on viitteitä, sillä henkilöillä, joilla on toiminnallisesti aktiivista ruskeaa rasvaa, 5-8 tuntia kestävä kylmäaltistus lisää plasman glukoosin hapettumista ja koko kehon insuliiniherkkyyttä (14).
Ruskea rasva on insuliiniherkkää kudosta, sillä sen glukoosinkäyttö lisääntyy insuliinin vaikutuksesta lihaksen glukoosinkäytön veroiseksi, noin viisinkertaiseksi paastotilanteeseen verrattuna (15). Radiovettä (¹⁵O-H₂O-PET) käyttämällä on havaittu, ettei insuliinistimulaatioon liity verenkierron lisääntymistä. Ruskean rasvan aktivoituessa kylmän vaikutuksesta verenkierto sen sijaan lisääntyy kaksinkertaiseksi (15). Kanadalainen tutkijaryhmä on ¹¹C-asetaattia käyttämällä osoittanut, että oksidatiivinen aineenvaihdunta lisääntyy merkittävästi kylmäaltistuksessa (16). Jos tämä lisäys muutetaan energiankulutukseksi, se vastaa vain noin 130 kilokaloria vuorokaudessa. Ruskeaa rasvaa on kuitenkin pieniä määriä myös monilla elimistön alueilla kuin solisluiden seudussa kaulalla, mitä ei ole laskelmissa huomioitu. Nykyisten PET-TT- ja PET-MK-laitteiden erottelukyky on 1-4 mm, eikä se riitä sellaisenaan pienien ruskean rasvan alueiden havaitsemiseen, erityisesti koska ruskeat rasvasolut ovat valkoisten kanssa lomittain. Todennäköisesti ruskean rasvan aktivaatiolla on merkitystä kokonaisenergiankulutukselle, sillä kylmän aiheuttama kokonaisenergiankulutuksen lisäys on 10 % suurempi niillä, joilla on aktiivista ruskeaa rasvaa (17).

Kahdenlaista ruskeaa rasvaa - onko värillä väliä?

Jyrsijöiden ja vastasyntyneitten ihmisten lapaluiden päällä olevan niin sanotun klassisen ruskean rasvan alkuperä tunnetaan hyvin. Yksilönkehityksen aikana sellaiset prekursori- eli esiastesolut, jotka ovat lähtöisin dermatomista ja ilmentävät transkriptiotekijä Myf5:tä, kehittyvät joko lihassoluiksi tai ruskeiksi rasvasoluiksi. Tätä säätelee proteiini PRDM16: kun proteiinia tuotetaan, soluista kehittyy ruskeita rasvasoluja. Mikäli tätä proteiinia säätelevä geeni tuhotaan, esiastesoluista kehittyy lihassoluja (18).
Aikuisten ihmisten kaulalla ja solisluiden seudussa havaittu ruskea rasva on tyypiltään kuitenkin erilaista eikä ilmennä Myf5:tä (11). Alkujaan tämän rasvan solut kehittyvät rasvasolulinjasta ja ovat valkoisen rasvan seassa niin sanottuja brite-soluja (brown-in-white). Brite-soluja sisältävää kudosta kutsutaan beigeksi rasvaksi, ja sen ajatellaan olevan tarpeen mukaan (esimerkiksi kylmässä) käyttöön otettavissa olevaa rasvaa (19). Mikäli esimerkiksi lihavien ihmisten beigeä rasvaa voitaisiin aktivoida tehokkaasti, se voisi parhaimmillaan auttaa lisäämään kehon energiankulutusta ja lievittämään rasva- ja glukoositasapainon häiriöitä. Brite-solujen erityisominaisuus voikin liittyä niiden kykyyn erilaistua joko energiaa kuluttaviksi ruskeiksi soluiksi tai energiaa varastoiviksi valkoisiksi soluiksi. Tällainen transdifferentiaatio voi olla hyvin runsasta jyrsijöillä, sillä lähes kaikki niiden rasvakudos voi muuttua ruskean kaltaiseksi riittävällä kylmäaltistuksella (20).
Ihmisen toiminnallinen ruskea rasva on siten klassista tai beigeä rasvaa tai niiden sekoitusta. Tähän viittaavat myös eläinkokeiden tulokset: kudosalueen keskiosissa nähdään tyypillisiä ruskeita rasvasoluja ja kudosalueen reunamilla valkoisia rasvasoluja (21).

Ruskean rasva, lihavuus ja tyypin 2 diabetes

Ruskean rasvan aktiivisuus on poikkileikkaustutkimusten mukaan käänteisesti yhteydessä painoindeksiin (6). Ruskean rasvan kylmästimuloitu glukoosinkäyttö on lihavilla vain kolmannes siitä, mikä se on normaalipainoisilla (23). Ei tiedetä, johtaako jokin geneettinen tekijä ruskean rasvan toiminnassa herkemmin lihavuuteen vai johtaako lihavuus ruskean rasvan toiminnan heikkenemiseen pitkittäisseurannassa. Beigen rasvan muokkautuvuus voi olla tässä keskeistä. Joillakin lihavilla henkilöillä on kuitenkin toiminnallisesti hyvin aktiivista ruskeaa rasvaa, ja osalta normaalipainoisista puuttuu aktiivisesti toimiva ruskea rasva. Selkeää syytä tähän ei tiedetä.
Iäkkäillä ruskean rasvan aktiivisuus on vähäisempää kuin nuorilla aikuisilla. Siitä, onko tyypin 2 diabeetikoilla aktiivista ruskeaa rasvaa, tiedetään vähän. Todennäköisesti heillä ruskean rasvan määrä on sama kuin samanikäisillä diabetesta sairastamattomilla, ja sen kyky polttaa rasvahappoja on tallella (24).

Voiko ruskean rasvan toimintaa stimuloida?

Jos ruskean rasvan toiminta on yhteydessä energiankulutuksen lisääntymiseen, olisi ihanteellista aktivoida sen toimintaa ja siten kuluttaa ylimääräisiä energiavarastoja kehosta. Lihavilla voi olla kehossaan ylimääräisiä rasvavarastoja 10-50 kg, joten etenkin sairaalloisessa lihavuudessa ruskean rasvan optimaalinen kyky polttaa rasvavarastoja 3-4 kg vuodessa on epärealistinen painonpudotuksen kannalta. Siksi varsinainen laihduttaminen tulisikin toteuttaa tavanomaisilla keinoilla, ja ruskean rasvan aktivoimisella voisi olla merkitystä laihtumistuloksen ylläpitämisessä. Tavanomainen laihdutus vähäenergiaisen ruokavalion sekä liikunta- ja ravitsemusohjauksen avulla viiden kuukauden ajan kohentaa ruskean rasvan kylmästimuloitua glukoosinkäyttöä, kun paino on vähentynyt yli 10 % (23). Myös mahalaukun pantaleikkaus lisää ruskean rasvan aktiivisuutta sairaalloisen lihavilla henkilöillä vuoden kuluttua leikkauksesta mitattuna, kun kehon paino on vähentynyt keskimäärin 29 % (25). Vaikutus perustunee osittain ruskean rasvasolun vähentyneeseen triglyseridikuormaan, joka elvyttää solun mitokondrioiden toimintaa.
Kylmäaltistus on yksi tehokkaimmista keinoista aktivoida ruskean rasvan toimintaa. Normaalipainoisella henkilöllä akuutti kylmäaltistus lisää ruskean rasvan glukoosinkäyttöä kymmenkertaisesti, verenvirtausta ja hapenkulutusta kaksinkertaisesti ja rasvahappojen kulutusta noin kolminkertaisesti (15, Mueez U Din, julkaisematon havainto, Teemu Saari, julkaisematon havainto). Myös neljän tai kuuden viikon ajan päivittäin toistetun kylmäaltistuksen on havaittu kohentavan ruskean rasvan aktiivisuutta normaalipainoisilla henkilöillä (26, 27). Tutkimukset lihavilla henkilöillä puuttuvat vielä.
Farmakologisista keinoista on toistaiseksi testattu kapsinoideja ja beeta₃-agonistia mirabegronia normaalipainoisilla henkilöillä (27, 28). Chilipaprika sisältää kapsaisiinia, ja kuuden viikon päivittäinen kapsinoidien nauttiminen lisää kylmästimulaation aiheuttamaa energiankulutusta lumelääkkeeseen verrattuna koko kehossa. Yhden annoksen mirabegronia on havaittu lisäävän ruskean ja beigen rasvan aktiivisuutta sekä perusenergiankulutusta yli 10 % vuorokaudessa. Myös näiden lääkeaineiden käyttökelpoisuus lihavuuden tai tyypin 2 diabeteksen hoidossa on vielä osoittamatta.
Liikunnan mahdollinen ruskeaa rasvaa aktivoiva vaikutus on noussut esiin irisiinihormonin löytymisen myötä (29). Irisiini ei tiettävästi suoraan aktivoi ruskeaa rasvaa, mutta sen on osoitettu ruskettavan valkoista rasvaa ("browning") jyrsijöillä ja siten lisäävän energiankulutuksen kannalta aktiivisen beigen rasvan määrää. Ihmisillä löydökset ovat olleet ristiriitaisia, ja vankka näyttö irisiinin tehokkuudesta puuttuu. Myös useiden muiden tekijöiden, muun muassa hormonien, uskotaan vaikuttavan ruskean rasvan aktiivisuuteen joko suoraan, adrenergisen stimulaation tai rasvahappojen kautta (30). Näitä tutkitaan, ja selventäviä tuloksia voitaneen odottaa muutaman vuoden kuluttua.

Kuva 2. Ruskean tai beigen rasvan toimintaa aktivoivia tekijöitä (30). Irisiini vaikuttaa brite-solujen uudismuodostukseen, BMP7/8β ruskeiden solujen uudismuodostukseen. Muiden tekijöiden vaikutus kohdentuu toiminnan (lämmöntuotannon) aktivoimiseen. BMP = luun morfogeneettinen proteiini, FGF = fibroblastikasvutekijä

Lopuksi

Kun kuusi vuotta sitten ilmeni, että ihmiselläkin on aktiivista ruskeaa rasvaa, siitä tuli tärkeä kohde etsittäessä keinoja estää lihavuutta ja hoitaa metabolisia sairauksia. Nyt tiedetään, että ruskeaa rasvaa on kahdenlaista, vastasyntyneellä todettavaa sekä indusoitavaa beigeä rasvaa, joka lisääntyy aikuistuttaessa ja jonka määrä vaihtelee eri ihmisillä. Krooninen kylmäaltistus on nykyisin tehokkain ruskean rasvan aktivointikeino, mutta monia muitakin aktivoijia on löydetty, ja niiden tutkiminen on käynnissä. Sitä, voiko ruskean rasvan pitkäaikainen aktiivisuus estää aineenvaihdunta- tai sydän- ja verisuonisairauksia, ei vielä tiedetä.

Etiketter

måndag 3 december 2018

Related articles in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Related articles in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Related articles in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Molecular evolution of the LNX gene family.

BACKGROUND:

RESULTS:

CONCLUSIONS:

Structure, history:

NP_00129008.1 E3 ubiquitin-protein ligase PDZRN3 isoform 2

Related articles in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

Related articles in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

NUMB maintains bone mass by promoting degradation of PTEN and GLI1 via ubiquitination in osteoblasts.

Gene NUMB (14q24.2.-q24.3)

Conserved Domains (2) summary

protein numb homolog isoform 1 [Homo sapiens]

Related articles in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

onsdag 7 november 2018

chitinase-3-like protein 1 precursor [Homo sapiens]

torsdag 2 augusti 2018

Ruskean rasvasolun toiminta ja lokalisaatio

Kahdenlaista ruskeaa rasvaa - onko värillä väliä?

Ruskean rasva, lihavuus ja tyypin 2 diabetes

Voiko ruskean rasvan toimintaa stimuloida?

Lopuksi

NP_0012900 8.1 E3 ubiquitin-protein ligase PDZRN3 isoform 2